역신(疫神)은 역병의 신이라는 뜻으로 호환마마, 마마와 비슷한 전통적인 질병을 퍼뜨리는 악신을 의미한다. 어느 날, 대동강 유역에서 발견된 작은 구체가 사람들의 손에 들어가면서 정체를 알 수 없는 치사율이 높은 급성 전염병이 퍼져나간다. 북한 정부가 외부와의 연결이 끊어지면서 미국과 남한 정부는 사태 파악 및 대처를 위해 북한으로의 침투를 결정한다. 블랙 3팀의 팀장 종석(두억)은 남한의 침투조를 맡게 되고, 미군과 교황청에서 비밀리에 파견된 수녀인 은영(아네스)이 일행에 합류하게 된다. 단순한 전염병이라고 생각했던 북한 내부의 상황은 심각했고, 그들은 사상 최악의 사태의 직면하게 되는데…….